Las características socioecosistémicas de la zona condicionan el establecimiento de un cultivo desde la visión de conservación de la biodiversidad y servicios ecosistémicos. En Cundinamarca hay un alto porcentaje de coberturas que han sido transformadas para el aprovechamiento en otros usos, exceptuando algunas porciones altamente fragmentadas de cobertura natural que albergan una cantidad importante de especies animales y vegetales endémicas, así como especies de aves en categorías vulnerables y en peligro de extinción; por ello la conservación de tales zonas naturales es importante. El enfoque ecosistémico aplicado al análisis de éste componente se basa en el uso sostenible de los bienes y servicios de los ecosistemas y el mantenimiento de la integridad ecológica a fin de conservar el bienestar humano (UPRA, 2014).
La integridad ecológica es el criterio de mayor importancia con 47%, seguido de la apropiación del agua (24.5%), variación del contenido estimado de carbono (13.9%), cambio de cobertura (9.3%) y susceptibilidad a incendios (5.3%). La integridad ecológica se enfoca en la protección de la diversidad biológica y procesos naturales que sustentan la vida a fin de evitar el deterioro del territorio, involucra la conectividad estructural de coberturas naturales, índice de naturalidad y áreas de concentración de especies sensibles, es decir este criterio enmarca la biodiversidad y las áreas naturales y es importante para el departamento la conservación de estas zonas tan deterioradas puesto que el 63% de Cundinamarca se encuentra coberturas transformadas asociadas a la frontera agrícola. La apropiación del agua se enfoca en la sostenibilidad hídrica del territorio frente al cultivo que se va a establecer, por lo cual es de importancia garantizar la disponibilidad de agua en el departamento, teniendo en cuenta la extensión agrícola que presenta. La dinámica de captura y emisión de carbono es esencial para la toma de decisiones a fin de evitar un aumento en la emisión de gases de efecto invernadero por lo cual se busca mantener sostenibilidad ambiental asociada al almacenamiento de carbono. El criterio de cambio de cobertura es el único del componente que presenta exclusiones asociadas a las zonas naturales y artificiales, dichas exclusiones se mantienen en la conformación del componente, por lo cual, aun cuando es de importancia la aptitud del territorio asociada al cambio de cobertura producido por el establecimiento del cultivo de caña panelera, esta aptitud se determina sobre la frontera agrícola.
Se destaca que las áreas con aptitud alta se asocian a zonas donde el establecimiento del cultivo de caña panelera genera un menor impacto en los bienes y servicios que proveen los ecosistemas o contribuye a mejorarlos.